Tomando en cuenta la naturaleza jurídica de la medida cautelar del arraigo referida precedentemente, se entiende que la regla de cumplimiento obligatorio, como toda otra es posible que admita una excepción, con la finalidad de preservar el ejercicio de otros derechos fundamentales, en el marco de los valores supremos de la dignidad humana y la libertad. Por lo mismo, como una vía de excepción es posible sea suspendida temporalmente la medida; empero, ello sólo podrá ser dispuesto expresa y motivadamente por el juez o tribunal que impuso la medida. Esta conclusión se extrae de la ratio legis de la norma prevista por el art. 240.3 del CPP, toda vez que ella dispone expresamente que el Juez o Tribunal puede disponer, como medida cautelar al imputado o procesado, la “Prohibición de salir del país, de la localidad en la cual reside o del ámbito territorial que fije el juez o tribunal, sin su autorización (…)”; lo que implica que, una vez aplicada la medida, el juez o tribunal puede autorizar excepcionalmente la salida del imputado o procesado arraigado. La excepción señalada tiene su fundamento en el hecho de que el arraigo, como medida restrictiva del ejercicio del derecho de locomoción o libre tránsito, no puede ampliarse en sus alcances a otros derechos fundamentales, es decir, no puede restringir el ejercicio de otros derechos, como el de la vida, la salud, la seguridad social o el trabajo; en suma aquellos derechos fundamentales que conforman el núcleo de la dignidad humana y el libre desarrollo de la personalidad. 
Sin embargo, cabe advertir que la suspensión temporal debe ser entendida como una excepción no como la regla, por lo mismo la decisión judicial deberá sustentarse en criterios mínimos basados en la razonabilidad, de manera que no desnaturalice la excepción convirtiéndola, en la práctica, en un levantamiento de la medida a título de suspensión temporal. Esos criterios deberán sustentarse en la necesidad de preservar otros derechos fundamentales esenciales cuya restricción podrían causar daños irreparables; entre ellos se puede referir a manera enunciativa no limitativa los siguientes: a) el derecho a la vida y la salud, esto es que el imputado o procesado arraigado tenga la necesidad urgente de realizar un viaje a otro punto geográfico del lugar en el que se encuentre arraigado, para someterse a un tratamiento médico urgente o alguna cirugía, que sólo le puede ser suministrado en el lugar al que debe viajar; b) el derecho al trabajo, ello significa que el imputado o procesado tenga como actividad, ya sea por cuenta propia o ajena, la de viajar fuera del país en forma continua, siempre que dicha actividad se constituya en su ingreso económico para su manutención y la de su familia, vale decir, que esa sea su función laboral insustituible e indelegable por razón de profesión u oficio.

Ahora bien, cabe advertir que, siendo potestad exclusiva del Juez o Tribunal el disponer la suspensión temporal del arraigo, también resulta potestad exclusiva de dicha autoridad judicial el valorar la solicitud, así como los antecedentes para determinar si concurren los criterios básicos de razonabilidad; asimismo valorar y compulsar la prueba presentada por el imputado que solicita la medida de suspensión temporal del arraigo; de manera que la jurisdicción constitucional no puede ingresar a ese ámbito.