La carga de la prueba someramente descrita es una institución procesal que determina qué parte procesal tiene la obligación de probar los hechos en litigio. Por su parte, la inversión de la carga de la prueba como principio puede entenderse como un mecanismo excepcional que altera la regla general según la cual, quien alega un hecho debe probarlo. Se aplica en circunstancias especiales que son tomadas en cuenta por la norma al momento de establecerla; por ejemplo, en casos de asimetría probatoria en los que una parte se encuentra en una posición desventajosa para acceder a la prueba; o, cuando hay una presunción legal que favorece a una de las partes trasladando la carga probatoria a la otra parte; o, para proteger especialmente a sujetos vulnerables y sus derechos.
Ahora bien, debe considerarse que la carga de la prueba y su inversión, tienen un carácter residual o subsidiario en el razonamiento judicial. En tal sentido, Jordi Ferrer afirma que deben comprenderse como una regla de juicio que indica cómo debe decidir el juez en caso de duda sobre los hechos[7] (las negrillas fueron añadidas). Similar línea de pensamiento es compartida por Jordi Nieve Fenoll, al señalar que La carga de la prueba proviene(n) del antiguo sistema de valoración legal o tasada de la prueba, en el que tenían todo su sentido. Sin embargo, en el sistema de valoración libre, la institución de la carga de la prueba deja de tener cualquier utilidad[8]; aunque, sigue siendo un mecanismo esencial para evitar situaciones de prueba insuficiente (Beweislosigkeit); es decir, opera en un escenario en el que el juez se encuentra sin elementos suficientes para decidir[9].
En tal sentido, la carga de la prueba no opera desde el inicio del proceso ni de manera constante, sino que entra en juego al final; por ejemplo, cuando el fiscal tras el acervo probatorio con el que cuenta tiene duda de si imputar o no; o, cuando juez debe tomar una decisión sobre los hechos controvertidos y no hay certeza absoluta. Es decir: La carga de la prueba es una regla de decisión que solo debe operar cuando, tras la valoración de las pruebas presentadas, subsiste la incertidumbre sobre un hecho relevante[10] (las negrillas nos corresponden). Consecuentemente, únicamente si las pruebas no han sido concluyentes y hay incertidumbre, se deben aplicar las reglas sobre la carga de la prueba para decidir qué parte asume las consecuencias de la falta de prueba, pues la carga de la prueba o el principio por el cual se la invierte, no son herramientas probatorias; más bien, son reglas que sólo se aplican cuando la prueba ha fracasado en su propósito y persiste la duda.
Un entendimiento distinto que devenga en el uso inadecuado de la carga probatoria y la inversión de la carga de la prueba; o su aplicación indiscriminada, puede generar riesgos e inseguridad jurídica[11]. Pues, si un juzgador asume que la carga de la prueba es un deber absoluto desde el inicio, podría rechazar o dejar de valorar pruebas relevantes bajo el argumento de que la parte no cumplió con su "obligación probatoria". O, si se aplica la carga de la prueba o su inversión sin haber agotado antes el análisis racional de la evidencia, se puede dictar sentencias bajo premisas fácticas erróneas. En tal sentido, aplicar la carga de la prueba antes de valorar todo el acervo probatorio presentado, puede afectar negativamente el derecho de las partes al debido proceso, en sus vertientes de una resolución congruente, suficientemente fundada y motivada (en hechos y derechos); y, el derecho a la tutela judicial efectiva.
En conclusión, la carga de la prueba y su inversión deben entenderse como un mecanismo de último recurso, utilizado solo cuando el proceso probatorio no ha permitido alcanzar certeza sobre los hechos controvertidos.