El art. 65 de la LOMP establece que: La impugnación al rechazo o sobreseimiento será resuelta por la o el superior jerárquico, valorando integralmente el contenido de las actuaciones y de manera fundamentada, en el plazo que establece la Ley, bajo su responsabilidad (el resaltado es añadido).
Este precepto fue extendido también a los supuestos de desestimación, conforme a la SCP 0092/2014-S3 de 27 de octubre, que reconoce el derecho de la supuesta víctima a impugnar esta clase de resoluciones fiscales. En ese contexto, la motivación y fundamentación de tales decisiones resultan exigencias ineludibles.

Ahora bien, con relación a la desestimación -ya sea respecto de una denuncia escrita, una querella o un informe policial de acción directa-, este constituye una resolución fiscal que, para ser válida, debe estar debidamente fundamentada. Su propósito es evitar la activación innecesaria del aparato estatal penal cuando, de manera preliminar, se advierte la falta de elementos mínimos que justifiquen el inicio de una investigación formal.
El art. 55.II de la LOMP dispone: Las y los Fiscales podrán desestimar denuncias escritas, querellas e informes policiales de acción directa en las que el hecho sea atípico, de persecución penal privada, no cumpla requisitos legales pertinentes, no exista una relación fáctica clara o no existan los elementos necesarios para tomar una decisión; en estos tres últimos casos se otorgará el plazo de 24 horas para subsanarla bajo alternativa de tenerla por no presentada.
En este marco, la fundamentación debe orientarse a la protección del bien jurídico que el derecho penal busca salvaguardar y debe atender a una doble consideración. Mientras que el rechazo de una denuncia suele tener lugar luego de una investigación preliminar con ciertos elementos de prueba recabados por el Ministerio Público, la desestimación se emite en una etapa anterior, cuando aún no se han producido actos de investigación formal. Por ello, el análisis de tipicidad o juicio de adecuación típica debe efectuarse exclusivamente a partir de los hechos y elementos aportados por la parte denunciante, valorando su correspondencia con la descripción normativa del tipo penal aplicable.
De ahí que, la fundamentación en los casos de desestimación deba ser mayor y suficientemente clara, especificando en forma concreta qué elementos del tipo penal no se configuran, y por qué -en función de los hechos expuestos y las diligencias mínimas realizadas- no resulta procedente continuar con la acción penal. Esta exigencia responde al deber de garantizar el derecho de acceso a la justicia, que podría verse vulnerado si se emiten resoluciones genéricas o insuficientemente motivadas.
Por otra parte, debe tenerse presente que el derecho de acceso a la justicia debe ser interpretado conforme al principio pro actione , el cual impone que, en caso de duda sobre la relevancia penal de los hechos, se opte por permitir una mínima actividad investigativa orientada a verificar o desvirtuar la denuncia. Esta exigencia también está vinculada al deber estatal de investigar con la diligencia mínima exigible.