El Juez de Instrucción en lo Penal, tiene la atribución de ejercer control jurisdiccional durante el desarrollo de la investigación

El Juez de Instrucción Penal, se constituye en un verdadero guardián de los derechos y garantías fundamentales dentro el proceso penal, que tiene el deber de cuidar que el proceso se desarrolle sin vicios de nulidad; verificando incluso entre otros aspectos, que las resoluciones de imputación formal, no sean realizadas en base a tipificaciones arbitrarias, absurdas o ilógicas, en relación a los hechos perseguidos penalmente

El Juez de Instrucción puede observar la falta de cumplimiento de los requisitos de validez de las salidas alternativas presentadas como  requerimiento conclusivo en la conclusión de la etapa preparatoria y rechazar su presentación

Radicada la causa ante el Tribunal de Sentencia, es esa instancia la que ejerce el control jurisdiccional del proceso, tanto en las actuaciones del Ministerio Público como en las de la Policía Nacional, control ejercido en resguardo de los derechos y garantías de las partes en el proceso

Una vez que el Fiscal de Distrito (ahora Fiscal Departamental) emita la Resolución que resuelva -en vía de impugnación- el requerimiento conclusivo emitido por el Fiscal de Materia, el Juez cautelar no pierde competencia para ejercitar control jurisdiccional por posibles lesiones a los derechos fundamentales y garantías constitucionales, que en su momento no fueron reparadas por el Fiscal de Distrito

El control jurisdiccional sobre las resoluciones emanadas de los representantes del Ministerio Público y, en particular, sobre el sobreseimiento, no alcanza a la fiscalización sobre el contenido sustancial o el fondo mismo de la decisión fiscal

Por parte del Juez cautelar respecto a las actuaciones de los Fiscales de Distrito -ahora Fiscales Departamentales-